Если Вы получали материалы в предыдущем налоговом периоде по НДС - следует представить за этот период уточненную налоговую декларацию.

По второму варианту можно составить двусторонний протокол с поставщиком о том, что, к примеру, ввиду скрытых дефектов, выявленных в поставленных материалах или задержки поставки против оговоренных сроков, поставщик компенсирует понесенный Вами ущерб. В этом случае Вы просто отражаете внереализационный доход на эту сумму. НДС он не облагается.