На этот вопрос нет однозначного ответа.

Минфин в ряде своих писем (от 20.09.2004 № 03-04-11/155, от 06.05.2006 № 03-03-04/1/421, от 31.07.2006 № 03-04-11/132 и др.) утверждает, что нужно, и мотивирует это следующим.

Суммы НДС, предъявленные налогоплательщику при приобретении ценностей, подлежат вычету в случае приобретения этих ценностей для осуществления операций, облагаемых НДС.

Товарно-материальные ценности, выбывшие в результате недостачи, не использовались для осуществления операций, признаваемых объектом обложения налогом на добавленную стоимость. Следовательно, вычет был сделан неправомерно, и НДС необходимо восстановить.

Данная проблема неоднократно рассматривалась арбитражными судами, и во многих случаях они отрицали необходимость восстановления НДС (постановления ФАС Московского округа от 18.02.2004 № КА-А40/693-04, ФАС Северо-Западного округа от 18.02.2004 № А26-12323/04-211 и др.).

При решении этого вопроса судьи исходили из того, что восстанавливать НДС нужно только по тем основаниям, которые перечислены в НК РФ. Случаи восстановления НДС, предъявленного ранее к вычету, перечислены в пункте 3 статьи 170 НК РФ. Перечень этих случаев является закрытым, и в нем не сказано, что НДС по недостающим ценностям подлежит восстановлению.

Правильность данной позиции федеральных судов подтверждена решением ВАС РФ от 23.10.2006 № 10652/06. В частности, в нем сказано, что обязанность по уплате в бюджет ранее правомерно принятой к зачету суммы НДС должна быть предусмотрена законом. Пункт 3 статьи 170 НК РФ предусматривает случаи, при которых суммы налога, принятые к вычету по товарам, подлежат восстановлению. Недостача товаров, обнаруженная при инвентаризации, или хищение товаров к числу вышеуказанных случаев не относятся. Следовательно, в данной ситуации обязанность организаций восстанавливать и уплачивать в бюджет ранее принятый к вычету НДС налоговым кодексом не предусмотрена.

На вопрос отвечал
В.В. Патров, д.э.н., профессора
(Санкт-Петербургский государственный университет)