В бухгалтерском учете следует исходить из того, что согласно абзацу пятому пункта 2 статьи 12 Федерального Закона от 21.11.1996 № 129-ФЗ "О бухгалтерском учете", в случае порчи имущества следует провести инвентаризацию. Товар списывается на основании документов, оформленных по формам, утвержденным Постановлениями Госкомстата России от 18.08.1998 № 88 и от 27.03.2000 № 26.

Списание уничтоженного товара отражается проводками:

• Дт 94 "Недостачи и потери от порчи ценностей" Кт 41 "Товары"
• Дт 91-2 "Прочие расходы" Кт 94 "Недостачи и потери от порчи ценностей"

По мнению налоговых органов, в частности, согласно письму УФНС по г. Москве от 25.11.2009 № 16-15/123920.1 при любом выбытии товара, отличном от реализации, сумму НДС, ранее принятую к вычету, следует восстановить к уплате в бюджет. Аналогичное мнение высказано в письме Минфина РФ от 07.06.2011 № 03-03-06/1/332. При этом основанием для такого мнения является письмо ФНС России от 19.10.2005 № ММ-6-03/886.

Решением Высшего Арбитражного Суда РФ от 23.10.2006 № 10625/06 данное разъяснение было признано не соответствующим НК РФ.

Соответственно, организация имеет право не восстанавливать суммы НДС к уплате. Но при этом возможен конфликт с налоговыми органами.

Разъяснения официальных органов по вопросу учета в целях исчисления налоговой базы по налогу на прибыль, расходов, связанных с уничтожением (списанием) товаров с истекшим сроком годности, носят противоречивый характер.

В письмах Минфина РФ от 14.06.2011 № 03-03-06/1/342, от 02.03.2010 № 03-03-06/1/105 и от 28.07.2008 № 03-03-06/1/434 утверждается, что такие расходы в целях исчисления налога на прибыль не учитываются.

В то же время в отношении отдельных видов товаров в письмах Минфина РФ от 05.03.2011 № 03-03-06/1/121, от 15.04.2011 № 03-03-06/1/238, письме ФНС РФ от 16.07.2009 № 3-2-09/139 и письме УФНС по г.Москве от 16.04.2010 № 16-15/040656, признается право налогоплательщиков учитывать (по отдельным видам продукции) стоимость утилизированных товаров в целях исчисления налога на прибыль.

Таким образом, и по этому вопросу возможно выбрать либо наиболее выгодную, либо наиболее безопасную линию поведения.