1) Суммы полученных штрафных санкций за нарушение договорных обязательств, признаются в целях исчисления налога на прибыль внереализационным доходом (п. 3 ст. 250 НК РФ).

Датой признания дохода в виде штрафных санкций за нарушение условий договора является дата признания должником либо дата вступления в законную силу решения суда (пп. 4 п. 4 ст. 271 НК РФ).

2) В настоящий момент НК РФ не содержит четкого требования, обязывающего налогоплательщика исчислять НДС с сумм штрафных санкций.

В соответствии с пп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ налоговая база по НДС увеличивается на суммы, полученные в счет увеличения доходов либо иначе связанные с оплатой реализованных товаров (работ, услуг).

По мнению Минфина РФ (письмо от 13.03.2007 № 03-07-05/11), штрафные санкции, полученные за нарушение условий договора, увеличивают налоговую базу по НДС.

При этом, судебная практика (например, Постановления ФАС Уральского округа от 07.11.2007 № Ф09-9025/07-С2 по делу № А07-26534/06, ФАС Восточно-Сибирского округа от 14.11.2005 № А19-4125/04-30-Ф02-5651/05-С1, ФАС Дальневосточного округа от 12.04.2006, 05.04.2006 № Ф03-А73/06-2/671 по делу № А73-10185/2005-16 и от 05.04.2006, 29.03.2006 № Ф03-А73/06-2/311 по делу № А73-4909/2005-50) показывает, что требования о включении сумм штрафных санкций в налоговую базу по НДС признаются судами необоснованными.

Представители налоговых органов настаивают на том, что суммы штрафов напрямую связанные с расчетами по оплате товаров, включаются в налогооблагаемую базу по НДС у налогоплательщика - поставщика товаров (работ, услуг), получающего эти средства (письма Минфина РФ от 11.03.2009 № 03-07-11/56, УФНС России по г. Москве от 07.02.2008 № 19-11/11309).

Таким образом, если Ваша организация является поставщиком услуг по договору транспортной экспедиции, то, по нашему мнению, следует включить суммы штрафа в налоговую базу по НДС.

Если же Вы в данной ситуации являетесь приобретателем услуги, то у Вас отсутствует обязанность включать признанные (полученные) штрафные санкции в налоговую базу по НДС.

В случае если Ваша организация, являясь исполнителем по договору экспедиции, примет решение не облагать сумму штрафа НДС, то вы должны быть готовы отстаивать свою позицию в судебном порядке.