Согласно абзацу 4 пункта 2 статьи 346.28 НК РФ постановка на учет в качестве налогоплательщика ЕНВД организации или индивидуального предпринимателя, которые осуществляют предпринимательскую деятельность на территориях нескольких городских округов или муниципальных районов, на нескольких внутригородских территориях городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга, на территориях которых действуют несколько налоговых органов, осуществляется в налоговом органе, на подведомственной территории которого расположено место осуществления предпринимательской деятельности, указанное первым в заявлении о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога.

При заполнении декларации вам следует отдельно исчислить сумму ЕНВД по каждому из мест осуществления деятельности (каждому коду ОКАТО). В составе налоговой декларации по ЕНВД вы должны заполнить столько разделов 2, сколько подразделений действует под разными кодами ОКАТО (письмо Минфина России от 20.03.2009 № 03-11-06/3/68).

Если обособленные подразделения расположены в разных городах, то вы должны зарегистрироваться в качестве плательщика ЕНВД по каждому месту осуществления деятельности. Соответственно и исчислять ЕНВД и отчитываться нужно по месту учета каждого обособленного подразделения.

Вы не обязаны выделять обособленное подразделение на отдельный баланс и открывать отдельный расчетный счет. Если обособленное подразделение не выделено на отдельный баланс и для него не открывался отдельный расчетный счет, то бухгалтерский учет ведется в целом по организации и зарплата начисляется централизовано.

НДФЛ, удержанный с доходов работников обособленного подразделения, уплачивается в бюджет по месту учета данного обособленного подразделения. Налоговые агенты - российские организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога в бюджет, как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения, независимо от того, имеет оно отдельный баланс или нет (письмо Минфина России от 29.03.2010 № 03-04-08/54).

Сведения о доходах работников обособленного подразделения (2-НДФЛ) представляются по выбору налогового агента - либо по месту учета организации, либо по месту регистрации обособленного подразделения. По мнению Минфина России, выраженному в письме от 13.11.06 № 03-05-01-04/311, организации, имеющие обособленные подразделения, представляют сведения по форме 2-НДФЛ в налоговый орган по месту учета головной организации.

При переходе работника в течение одного и того же налогового периода из одного обособленного подразделения в другое целесообразно, чтобы сведения о его доходах и удержанных с них налогах представлялись в целом головной организацией (письмо ФНС России от 13.03.2008 № 04-1-05/0916@).

Сведения о доходах физических лиц могут представляться налоговым агентом - российской организацией, имеющей обособленные подразделения, в налоговые органы по месту своего нахождения, а обособленным подразделением организации по месту нахождения обособленного подразделения, в котором работникам этого подразделения производится начисление и выплата дохода (письма Минфина России от 03.12.2008 № 03-04-07-01/244, от 09.062009 № 03-04-06-01/130.

Согласно пункту 11 статьи 15 Федерального закона от 24.07.2009 № 212-ФЗ если в составе организаций есть обособленные подразделения, имеющие отдельный баланс и расчетный счет, которые начисляют выплаты и иные вознаграждения в пользу физических лиц, то такие обособленные подразделения должны самостоятельно исчислять и уплачивать страховые взносы за своих работников, а также представлять расчеты по страховым взносам по месту своего нахождения.

Если подразделение не выделено на отдельный баланс и не имеет отдельного расчетного счета, то страховые взносы уплачиваются и отчетность по взносам предоставляется централизовано по месту учета организации.